Hur du dokumenterar din R-analys sömlöst med R Markdown

Hur Du Dokumenterar Din R Analys Somlost Med R Markdown



Med det mångsidiga R Markdown-formatet kan du enkelt inkludera texten, den körbara R-koden och dess resultat i en enda fil. Flera statiska och dynamiska utdataformat som PDF (.pdf), Word (.docx) och HTML (.html) kan enkelt omvandlas från dessa filer. En välskriven R Markdown-fil har fördelen av att vara reproducerbar. Detta innebär också att du kan bygga om uppsatsen utan att ändra den verkliga filen om du hittar ett problem med datatranskribering eller har möjlighet att lägga till ny information till forskningen. Eftersom RStudio redan har det inbyggda R markdown-paketet krävs inga försteg för installationen.

Testkod

Innan du börjar med R Markdown, se till att du har R monterat i ditt system. Tillsammans med det borde RStudio lanseras för tillfället. Först skapar vi ett skript för datamängden som vi använder i R Markdown-filen.

Vi importerar 'dataset'-biblioteket från R inom källkodsområdet. De inbyggda datamängderna kan hämtas med detta bibliotek. Så, datasetet med namnet 'AirPassengers' hämtas med hjälp av 'data'-funktionen och sammanfattas med 'sammanfattningsfunktionen'.







I slutändan appliceras plot()-funktionen på denna datauppsättning för att få en graf/plottvy av den specifika datauppsättningen. Efter att ha kört den här koden får vi sammanfattningen av denna datauppsättning som visas på konsolen.



bibliotek ( datauppsättningar )

data ( 'AirPassengers' )

sammanfattning ( Flygpassagerare )

komplott ( Flygpassagerare )



I den högra rutan i RStudio kan du också se plotten för AirPassengers-datauppsättningen. Nu använder vi den här koden i vårt R Markdown-dokument.





Komma igång med R MarkDown i RStudio

För att initiera en R Markdown-fil måste du använda menyn 'Arkiv' från det övre vänstra fönstret i RStudio. Klicka på den och expandera alternativet 'Ny fil'. Inom alternativet 'Ny fil' kan du hitta alternativet 'R Markdown' listat. Tryck på den för att skapa en.



Ett nytt 'New R Markdown'-fönster kommer att visas på din RStudio-skärm. Eftersom vi vill skapa ett R Markdown-dokument måste vi välja 'Dokument' från den vänstra rutan. Nu kan du namnge ditt dokument genom att använda fältet 'Titel'; vi döpte det till 'Test'.

Du kan också ange ditt namn som författare till detta dokument, det vill säga 'John'. I det sista fältet måste du ange datumet när du skapade R Markdown-dokumentet. Du kan också använda kryssrutan för att återge datumet för ett dokument varje gång du uppdaterar det.

Nu måste du välja filens standardutdataformat, det vill säga html, pdf eller Word. I vårt fall väljer vi 'HTML' som standardutdataformat för filen. Tryck på 'OK'-knappen för att fortsätta skapa en R Markdown-exempelfil. Du kan också använda knappen 'Skapa tomt dokument' för att skapa en tom Markdown-fil.

Växla till visuellt läge för redigering

Exempel R Markdown-filen öppnas i området RStudio Source. Nu kan du redigera den här exempelfilen för Markdown enligt dina behov. Denna Markdown-exempelfil är uppdelad i tre delar. Den del som börjar och slutar med '—' kallas 'Header' i Markdown-filen. Den innehåller informationen som du angav när du började skapa ett exempel på markdown-fil, t.ex. titel, författare, datum och utdataformat.

'## R Markdown'-delen, inklusive textraderna, är denna markdown-fils 'text'-block. Du kan också uppdatera den och placera din text på den. '## R Markdown' är en rubrik som också kan uppdateras. Nästa del som börjar med tre '`'-symboler anger delen 'Code Chunk' som är specifik för att lägga till kodavsnitten. Kodningsdelen kan också åtföljas av 'plots'-delen som är specifik för att generera grafer genom koder.

Vi byter till 'Visuell' -läget för R Markdown-filen med knappen 'Visuell' från aktivitetsfältet i det öppnade RStudio-fönstret. Det nyöppnade fönstret ger dig några instruktioner om hur du flyttar i det visuella läget. Tryck på knappen 'Använd visuellt läge' för att öppna det visuella läget.

Redigera provfilen

Nu startar redigeringsläget 'Visuellt' för R Markdown-exempelfilen. Du kan formatera, infoga och redigera hela filen med hjälp av menyerna i aktivitetsfältet. Till exempel uppdaterade vi inte Header-delen utan vi bytte ut Header-titlarna för blocken 'Text' och 'Plots'. Ersätt exempeltexten med en ny text och ange en ny kod i kodområdet. Vi uppdaterade också den här filens 'Plot'-block i sidled.

Spara filen

Använd nu knappen 'Knit' som finns i aktivitetsfältet i RStudio för att skapa ett dokument.

Nu kommer RStudio att fråga dig om platsen och namnet på en ny Markdown-fil som du ska spara. Typen av R Markdown-filen är '.Rmd' som standard. Vi kallar det 'testa' enligt följande bild och sparar det på 'D'-enheten via knappen 'Spara':

Efter att ha sparat din nygenererade R Markdown-fil kan RStudio bli inblandad i lite bearbetning för att visa dokumentet. Innan dess kan det be dig att starta en ny session genom att öppna följande fönster. Klicka på 'Starta ny session' för att fortsätta:

Granska Markdown-dokumentet

Efter ett tag startar RStudio sin nya session tillsammans med öppnandet av det nyskapade R Markdown-dokumentet i ett separat fönster via RStudio. Filen innehåller dess 'Header'-block med titeln på en fil som 'Test' följt av författarens namn och skapelsedatum. Koden och plottblocket visar 100 procent samma utdata som visas i 'Test'-kodutgången.

Slutsats

Den här guiden ger den bästa demonstrationen av att använda R-språket för att skapa ett dokument via R Markdown. Vi började med att ställa in dokumentet och förklarade hur man redigerar, sparar och öppnar den nyligen genererade R Markdown-filen och tittar på dess rubrikblock, textblock, kodblock och plotblock.